En los comienzos de la Iglesia la pena habitual por herejía era la excomunion. Cuando los emperadores romanos convierten el cristianismo en religión estatal en el siglo IV, los herejes empiezan a considerarse enemigos del Estado.En su momento San Agustin aprobó con reservas la acción del Estado contra los herejes, aunque la Iglesia en general desaprobaba en ese momento los castigos físicos.
En el siglo XII, en respuesta al resurgimiento de la herejía de forma organizada, se produce en el sur de Francia un cambio de opinión dirigida contra la doctrina albigence, la cual no coincidía con los puntos de vista de la iglesia católica en relación al matrimonio y otras instituciones de la sociedad. Como reacción el papa inocencio III organizó una cruzada contra los albigenses promulgando una legislación punitiva contra ellos. Sin embargo, los esfuerzos iniciales destinados a someter la herejía no estuvieron bien coordinados y fueron ineficaces.